Le réseau SAHARA Afrique de l'Ouest a été constitué dans le cadre du Programme SAHARA (Social Aspects of HIV/AIDS Research Alliance / Alliance pour la Recherche des Aspects Sociaux du VIH/SIDA) initié par le Conseil sur la Recherche en Sciences Humaines (Human Sciences Research Council) basé à Cape Town en Afrique du Sud. Ce programme avait été développé par le Dr Olive Shisana à partir des principaux constats suivants :

- Les travaux de recherche sur les aspects sociaux de l'épidémie sont encore très insuffisants.
- La qualité de la recherche en sciences sociales est affectée par un déficit au plan de la rigueur méthodologique et par une insuffisance d'études comparatives.
- Le faible niveau des échanges et de la circulation des informations conduisent souvent à des répétitions inutiles de travaux de recherche et à une utilisation peu judicieuse des ressources techniques, financières et humaines.
- Les résultats des recherches paraissent avoir très peu d'influence sur les politiques, les programmes et les projets des ONG, des Etats et des bailleurs de fonds.

Le programme SAHARA a, dès le départ, travaillé avec le Nouveau Partenariat pour le Développement Economique de l'Afrique (NEPAD) .